前条の続きと言える条文です。
難民の認定を受けた人が、「定住者」への在留資格変更を申請すれば、他の条文の規定に関係なく認められます。
難民には一律「定住者」の在留資格が認められる、ということです。

第61条の2の3　　法務大臣は、難民の認定を受けている外国人（前条第二項の許可により在留資格を取得した者を除く。）から、第20条第2項の規定による定住者の在留資格への変更の申請があつたとき、又は第22条の2第2項（第22条の3において準用する場合を含む。）の規定による定住者の在留資格の取得の申請があつたときは、第20条第3項（第22条の2第3項（第22条の3において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）の規定にかかわらず、当該外国人が前条第1項第1号に該当する場合を除き、これを許可するものとする。

今回の改正により加えられた条文です。
難民の認定を受けた場合に、一定の条件を満たせば一律に「定住者」の在留資格を認めることになりました。
これは難民の法的地位を早期に安定させることを目的としています。

（在留資格に係る許可)
第61条の2の2　　法務大臣は、前条第1項の規定により難民の認定をする場合であつて、同項の申請をした外国人が在留資格未取得外国人（別表第一又は別表第二の上欄の在留資格をもつて本邦に在留する者、一時庇護のための上陸の許可を受けた者で当該許可書に記載された期間を経過していないもの及び特別永住者以外の者をいう。以下同じ。）であるときは、当該在留資格未取得外国人が次の各号のいずれかに該当する場合を除き、その者に定住者の在留資格の取得を許可するものとする。

下記に該当する人は在留資格を付与されません。
1.上陸後、6ヶ月以上たって申請した人。
2．他国を経由してから日本へ入った人。
3．退去強制事由に該当する人
4. 刑法犯罪を犯した人

一　　本邦に上陸した日（本邦にある間に難民となる事由が生じた者にあつては、その事実を知つた日）から六月を経過した後前条第1項の申請を行つたものであるとき。ただし、やむを得ない事情がある場合を除く。
二　　本邦にある間に難民となる事由が生じた場合を除き、その者の生命、身体又は身体の自由が難民条約第一条Ａ（２）に規定する理由によつて害されるおそれのあつた領域から直接本邦に入つたものでないとき。
三　　第24条第3号又は第4号ホからヨまでに掲げる者のいずれかに該当するとき。
四　　本邦に入つた後に、刑法第2編第12章、第16章から第19章まで、第23章、第26章、第27章、第31章、第33章、第36章、第37章若しくは第39章の罪、暴力行為等処罰に関する法律第1条、第1条ノ2若しくは第1条ノ3（刑法第222条又は第261条に係る部分を除く。）の罪、盗犯等の防止及び処分に関する法律の罪又は特殊開錠用具の所持の禁止等に関する法律第15条若しくは第16条の罪により懲役又は禁錮に処せられたものであるとき。

２　　法務大臣は、前条第1項の申請をした在留資格未取得外国人について、難民の認定をしない処分をするとき、又は前項の許可をしないときは、当該在留資格未取得外国人の在留を特別に許可すべき事情があるか否かを審査するものとし、当該事情があると認めるときは、その在留を特別に許可することができる。

難民として認定されなかった場合でも「在留特別許可」を受ける可能性があります。

３　　法務大臣は、前2項の許可をする場合には、在留資格及び在留期間を決定し、入国審査官に、当該在留資格未取得外国人に対し当該在留資格及び在留期間を記載した在留資格証明書を交付させるものとする。この場合において、その許可は、当該交付のあつた時に、その記載された内容をもつて効力を生ずる。

４　　法務大臣は、第1項又は第2項の許可をする場合において、当該在留資格未取得外国人が仮上陸の許可又は第3章第4節の規定による上陸の許可を受けているときは、当該仮上陸の許可又は上陸の許可を取り消すものとする。

第61条の2から第7章に入ります。
第7章は「難民」についてです。
今回の改正で大きな改正があった部分ですが、施行については「公布の日から１年以内で政令で定める日」となっています。
他の改正部分は12月2日に施行されましたが、この部分はまだ施行されていません。

（難民の認定）
第61条の2 　法務大臣は、本邦にある外国人から法務省令で定める手続により申請があつたときは、その提出した資料に基づき、その者が難民である旨の認定（以下「難民の認定」という。）を行うことができる。

難民申請を事前に海外から行うことはできません。

２ 　前項の申請は、その者が本邦に上陸した日（本邦にある間に難民となる事由が生じた者にあつては、その事実を知つた日）から60日以内に行わなければならない。ただし、やむを得ない事情があるときは、この限りでない。

上陸の日から60日以内しか難民認定の申請ができないという、いわゆる「60日ルール」は、期間があまりにも短すぎるということで、日本の難民認定の少なさもあり、諸外国からの批判も多くありました。
そのため、今回の改正でこの第2項は削除されました。

２ 　法務大臣は、難民の認定をしたときは、法務省令で定める手続により、当該外国人に対し、難民認定証明書を交付し、その認定をしないときは、当該外国人に対し、理由を付した書面をもつて、その旨を通知する。

第7章の第60条・第61条は日本人の出入国に関してです。
入管法の対象は外国人だけではありません。

（日本人の出国）
第60条 　本邦外の地域に赴く意図をもつて出国する日本人（乗員を除く。）は、有効な旅券を所持し、その者が出国する出入国港において、法務省令で定める手続により、入国審査官から出国の確認を受けなければならない。

２ 　前項の日本人は、出国の確認を受けなければ出国してはならない。

（日本人の帰国）
第61条 　本邦外の地域から本邦に帰国する日本人（乗員を除く。）は、有効な旅券（有効な旅券を所持することができないときは、日本の国籍を有することを証する文書）を所持し、その者が上陸する出入国港において、法務省令で定める手続により、入国審査官から帰国の確認を受けなければならない。

当然ですが、在留資格に関して入管が審査するとき、提出された書類を見てだけ審査するわけではありません。
必要なら、本人や関係者を呼び出して話を聞くこともできますし、警察その他の機関へ問い合わせをすることもできます。

（事実の調査）
第59条の2 　法務大臣は、第7条の2第1項の規定による証明書の交付又は第12条第1項、第19条第2項、第20条第3項（第22条の2第3項（第22条の3において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）、第21条第3項、第22条第2項（第22条の2第4項（第22条の3において準用する場合を含む。）において準用する場合を含む。）、第50条第1項若しくは第61条の2の5の規定による許可若しくは第22条の4第1項の規定による在留資格の取消しに関する処分を行うため必要がある場合には、入国審査官に事実の調査をさせることができる。

「第7条の2第1項の規定による証明書の交付」＝在留資格認定証明書の交付申請です。
「第12条第1項」＝上陸特別許可
「第19条第2項」＝資格外活動許可
「第20条第3項」＝在留資格の変更
「第22条の2第3項（第22条の3において準用する場合）」＝在留資格の取得
「第21条第3項」＝在留期間の更新
「第22条第2項」＝永住許可申請
「第50条第1項の規定による許可」＝在留特別許可
「第61条の2の5」＝難民の永住許可
「第22条の4第1項の規定による在留資格の取消し」＝新設の在留資格取消制度です。

※緑字は今回の改正部分※

２ 　入国審査官は、前項の調査のため必要があるときは、外国人その他の関係人に対し出頭を求め、質問をし、又は文書の提示を求めることができる。

３ 　法務大臣又は入国審査官は、第1項の調査について、公務所又は公私の団体に照会して必要な事項の報告を求めることができる。

上陸拒否事由に該当するような人、不法上陸をしようとする人を乗せてきたら、船長・機長、船会社・飛行機会社はその責任でその人を帰さなければなりません。

（送還の義務）
第59条 　次の各号の一に該当する外国人が乗つてきた船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者は、当該外国人をその船舶等又は当該運送業者に属する他の船舶等により、その責任と費用で、速やかに本邦外の地域に送還しなければならない。

一 　第3章第1節又は第2節の規定により上陸を拒否された者

港・空港での上陸審査にひっかかった人です。

二 　第24条第5号から第6号の2までのいずれかに該当して本邦からの退去強制を受けた者

仮上陸の許可を受けて逃亡した人です。
仮上陸許可の申請は船長等がまとめて行いますので、逃げられたら責任は船長等にあります。

三 　前号に規定する者を除き、上陸後5年以内に、第24条各号の一に該当して退去強制を受けた者のうち、その者の上陸のときに当該船舶等の長又は運送業者がその者について退去強制の理由となつた事実があることを明らかに知つていたと認められるもの

２ 　前項の場合において、当該運送業者は、その外国人を同項に規定する船舶等により送還することができないときは、その責任と費用で、すみやかに他の船舶等により送還しなければならない。

乗せてきた船・飛行機に乗せて帰すのが基本ですが、飛行機などの場合は審査している間に出発しちゃうこともあります。
その場合は他の飛行機でも船でも良いから責任持って帰してね、ってことです。

３ 　主任審査官は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者が負うべき責任と費用の負担のうち、第13条の2第1項の規定によりとどまることができる場所として法務省令で定める施設の指定を受けている第1項第1号に該当する外国人を当該指定に係る施設にとどめておくことに伴うものについては、有効な旅券で日本国領事官等の査証を受けたものを所持する外国人に係るものに限り、その全部又は一部を免除することができる。

指定された施設に収容する場合で、収容されたひとが査証（ビザ）を持ってる場合は、航空会社等の責任は一部免除されます。
査証（ビザ）出したほうにも責任があるってことでしょう。

船長・機長は密入国を企む者が自分の船・飛行機に乗っているのを発見したら、その者の上陸を防ぐよう手段を講じなければなりません。

（上陸防止の義務）
第58条 　本邦に入る船舶等の長は、前条第2項に規定する外国人がその船舶等に乗つていることを知つたときは、当該外国人が上陸することを防止しなければならない。

（報告の義務）
第57条 　本邦に入り、又は本邦から出る船舶等の長は、その船舶等が到着し、又は出発する出入国港の入国審査官の要求があつたときは、乗客名簿及び乗員名簿を提出しなければならない。

２ 　本邦に入る船舶等の長は、有効な旅券又は乗員手帳を所持しない外国人がその船舶等に乗つていることを知つたときは、直ちにその旨をその出入国港の入国審査官に報告しなければならない。

３ 　本邦に入る船舶等の長は、当該船舶等に第16条第2項の許可を受けている乗員が乗り組んでいるときは、当該船舶等が出入国港に到着する都度、直ちに、当該乗員の氏名その他法務省令で定める事項をその出入国港の入国審査官に報告しなければならない。

「第16条第2項の許可を受けている乗員」というのは、定期便の乗員で、その船舶等が日本にいる間の上陸を認められた乗組員のことです。

４ 　本邦から出る船舶等の長は、その船舶等の出発する出入国港の入国審査官の要求があつたときは、第15条第1項の規定による通過上陸の許可を受けた者がその船舶に帰船しているかどうか、乗員上陸の許可を受けた者で当該船舶等に乗り組むべきものが乗り組んでいるかどうか及び第25条第2項又は第60条第2項の規定に違反して出国しようとする者が乗つているかどうかを報告しなければならない。

「第25条第2項又は第60条第2項の規定に違反して出国しようとする者」とは、出国手続をしないで出国しようとする者です。

第56条から第59条までが第六章で、「船舶等の長及び運送業者の責任」が規定されています。
要するに不法入国や不法上陸をしようとする人を乗せてきた飛行機会社、船舶会社にも責任がありますよってことです。

（協力の義務）
第56条 　本邦に入る船舶等の長及びその船舶等を運航する運送業者は、入国審査官の行う審査その他の職務の遂行に協力しなければならない。

出国命令を受けた人の出国期限は15日以内ですが、「船舶等の運航の都合その他その者の責めに帰することができない事由」があるときに限り、延長が認められます。

（出国期限の延長）
第55条の5　　主任審査官は、法務省令で定めるところにより、第55条の3第1項の規定により出国命令を受けた者から、当該出国命令に係る出国期限内に出国することができない旨の申出があつた場合には、船舶等の運航の都合その他その者の責めに帰することができない事由があると認めるときに限り、当該出国期限を延長することができる。

出国命令書への記載事項です。

（出国命令書の方式）
第55条の4　　前条第2項の規定により交付される出国命令書には、出国命令を受ける者の氏名、年齢及び国籍、出国命令の理由、出国期限、交付年月日その他法務省令で定める事項を記載し、かつ、主任審査官がこれに記名押印しなければならない。

各審査の段階で出国命令対象者と認められると主任審査官から出国命令書の交付を受け、15日以内に帰国しなければなりません。
帰国するまでは収容はされませんが、住居・行動範囲に制限を付けられます。

（出国命令）
第55条の3　　主任審査官は、第47条第2項、第48条第7項、第49条第5項又は前条第3項の規定による通知を受けたときは、速やかに当該通知に係る容疑者に対し、本邦からの出国を命じなければならない。この場合において、主任審査官は、15日を超えない範囲内で出国期限を定めるものとする。

２　　主任審査官は、前項の規定により出国命令をする場合には、当該容疑者に対し、次条の規定による出国命令書を交付しなければならない。

３　　主任審査官は、第1項の規定により出国命令をする場合には、法務省令で定めるところにより、当該容疑者に対し、住居及び行動範囲の制限その他必要と認める条件を付することができる。

出国命令制度の新設に伴い、その審査手続きの規定が第5章として第55条の2から第55条の6までとして、ここに挿入されました。
なお、出国命令制度については第24条の2をご覧下さい。

第55条の2には出国命令の対象に該当するかどうかの審査は入国審査官が行う旨が規定されています。

（出国命令に係る審査）
第55条の2　　入国警備官は、容疑者が出国命令対象者に該当すると認めるに足りる相当の理由があるときは、第39条の規定にかかわらず、当該容疑者に係る違反事件を入国審査官に引き継がなければならない。

２　　入国審査官は、前項の規定により違反事件の引継ぎを受けたときは、当該容疑者が出国命令対象者に該当するかどうかを速やかに審査しなければならない。

３　　入国審査官は、審査の結果、当該容疑者が出国命令対象者に該当すると認定したときは、速やかに主任審査官にその旨を知らせなければならない。

４　　入国審査官は、当該容疑者が退去強制対象者に該当すると疑うに足りる相当の理由があるときは、その旨を入国警備官に通知するとともに、当該違反事件を入国警備官に差し戻すものとする。

仮放免されてそのまま逃げたり、呼び出しに応じなかったり、仮放免の条件に違反したりした場合、保証金は没収で身柄は再び拘束され、収容されます。

（仮放免の取消）
第55条 　入国者収容所長又は主任審査官は、仮放免された者が逃亡し、逃亡すると疑うに足りる相当の理由があり、正当な理由がなくて呼出に応ぜず、その他仮放免に附された条件に違反したときは、仮放免を取り消すことができる。

２ 　前項の取消をしたときは、入国者収容所長又は主任審査官は、仮放免取消書を作成し、収容令書又は退去強制令書とともに、入国警備官にこれを交付しなければならない。

３ 　入国者収容所長又は主任審査官は、逃亡し、又は正当な理由がなくて呼出に応じないことを理由とする仮放免の取消をしたときは保証金の全部、その他の理由によるときはその一部を没取するものとする。

４ 　入国警備官は、仮放免を取り消された者がある場合には、その者に仮放免取消書及び収容令書又は退去強制令書を示して、その者を入国者収容所、収容場その他法務大臣又はその委任を受けた主任審査官が指定する場所に収容しなければならない。

５ 　入国警備官は、仮放免取消書及び収容令書又は退去強制令書を所持しない場合でも、急速を要するときは、その者に対し仮放免を取り消された旨を告げて、その者を収容することができる。但し、仮放免取消書及び収容令書又は退去強制令書は、できるだけすみやかに示さなければならない。

収容者の仮放免についての規定です。
仮放免に必要なのは「保証金」か「保証人」です。

（仮放免）
第54条 　収容令書若しくは退去強制令書の発付を受けて収容されている者又はその者の代理人、保佐人、配偶者、直系の親族若しくは兄弟姉妹は、法務省令で定める手続により、入国者収容所長又は主任審査官に対し、その者の仮放免を請求することができる。

２ 　入国者収容所長又は主任審査官は、前項の請求により又は職権で、法務省令で定めるところにより、収容令書又は退去強制令書の発付を受けて収容されている者の情状及び仮放免の請求の理由となる証拠並びにその者の性格、資産等を考慮して、三百万円を超えない範囲内で法務省令で定める額の保証金を納付させ、かつ、住居及び行動範囲の制限、呼出しに対する出頭の義務その他必要と認める条件を付して、その者を仮放免することができる。

３ 　入国者収容所長又は主任審査官は、適当と認めるときは、収容令書又は退去強制令書の発付を受けて収容されている者以外の者の差し出した保証書をもつて保証金に代えることを許すことができる。保証書には、保証金額及びいつでもその保証金を納付する旨を記載しなければならない。

不法滞在をしていた外国人を退去強制するとき、日本から出すのは良いとして、ではどこへ送り返せば良いのでしょう。
普通に考えれば、中国人は中国へ、アメリカ人はアメリカへ送り返せば良いですね。
これが基本です。
ところが、そう単純じゃない場合もあります。

その外国人が日本で不法滞在している間にその国で戦争が始まっていたらどうしましょう？
いくら不法滞在だとはいえ、戦争中の国へ帰れ、というのはちょっと酷すぎますよね？

または、かつてソ連が崩壊したときのように、その国が国としてなくなってたらどうでしょう？
帰国させようと思っても、その国がないんです。

その他様々な理由でその国籍のある国へ返すことができないとき、どこに送るかを決めてあるのがこの条文です。

（送還先）
第53条 　退去強制を受ける者は、その者の国籍又は市民権の属する国に送還されるものとする。

２ 　前項の国に送還することができないときは、本人の希望により、左に掲げる国のいずれかに送還されるものとする。

一 　本邦に入国する直前に居住していた国
二 　本邦に入国する前に居住していたことのある国
三 　本邦に向けて船舶等に乗つた港の属する国
四 　出生地の属する国
五 　出生時にその出生地の属していた国
六 　その他の国

３ 　法務大臣が日本国の利益又は公安を著しく害すると認める場合を除き、前2項の国には難民条約第33条第1項に規定する領域の属する国を含まないものとする。

不法滞在をしていた外国人を退去強制するとき、日本から出すのは良いとして、ではどこへ送り返せば良いのでしょう。
普通に考えれば、中国人は中国へ、アメリカ人はアメリカへ送り返せば良いですね。
これが基本です。
ところが、そう単純じゃない場合もあります。

その外国人が日本で不法滞在している間にその国で戦争が始まっていたらどうしましょう？
いくら不法滞在だとはいえ、戦争中の国へ帰れ、というのはちょっと酷すぎますよね？

または、かつてソ連が崩壊したときのように、その国が国としてなくなってたらどうでしょう？
帰国させようと思っても、その国がないんです。

その他様々な理由でその国籍のある国へ返すことができないとき、どこに送るかを決めてあるのがこの条文です。

（送還先）
第53条 　退去強制を受ける者は、その者の国籍又は市民権の属する国に送還されるものとする。

２ 　前項の国に送還することができないときは、本人の希望により、左に掲げる国のいずれかに送還されるものとする。

一 　本邦に入国する直前に居住していた国
二 　本邦に入国する前に居住していたことのある国
三 　本邦に向けて船舶等に乗つた港の属する国
四 　出生地の属する国
五 　出生時にその出生地の属していた国
六 　その他の国

３ 　法務大臣が日本国の利益又は公安を著しく害すると認める場合を除き、前2項の国には難民条約第33条第1項に規定する領域の属する国を含まないものとする。

「退去強制令書」の記載事項の規定です。
他条文の改正に伴う項番の変更（緑字の部分）のみで、この条文の内容に関する改正はありません。

（退去強制令書の方式）
第51条 　第47条第5項、第48条第9項若しくは第49条第6項の規定により、又は第63条第1項の規定に基づく退去強制の手続において発付される退去強制令書には、退去強制を受ける者の氏名、年齢及び国籍、退去強制の理由、発付年月日その他法務省令で定める事項を記載し、かつ、主任審査官がこれに記名押印しなければならない。