よく「ビザの更新」とか「ビザの変更」という言い方をします。
厳密に言うとこれは間違いです。
「ビザ（査証）」は通常1回きりのもので、日本に上陸した時点で「USED」のスタンプを押され、それで終わりになるからです。
「更新」や「変更」は存在しません。
「ビザ（査証）」は在外日本公館が与える推薦状のようなものなので、上陸審査が終われば無用のものとなるのです。
上陸審査を経て、上陸許可を与えられると、同時に「在留資格」を与えられるわけです。

例えると、大学の入学試験の時に高校の先生が書く「推薦状」が「ビザ（査証）」で、
大学入学後の「学生証」が「在留資格」です。

じゃ、なぜそんな「推薦状」＝「ビザ（査証）」が必要なのか。
一番大切なのはパスポートが本物かどうかの証明です。
世界には何百と言う国があります。
日本で上陸審査をする人が、それら全てのパスポートの様式を覚えておくことは不可能です。
そこで、現地の日本大使館員がそのパスポートの有効性を証明するわけです。
他にも例えば、その人の住所なんかも、日本にいるとそもそもそんな住所があるのかどうか、大学だってそんな大学が存在するのかどうか、全く分からないので、それを現地で証明するわけです。

で、今度はその人が日本で何をするのか審査しなければなりません。
学生だったらそんな学校が本当にあるのかどうか、条件にあった学校なのか、働くのならその会社がどこにあるのか、規模や労働条件は適当かどうか。
これらは日本側が審査します。
審査の結果、条件を満たしていれば与えられるのが「在留資格」です。

うまく説明できたか自信がありませんが、とりあえず「在留資格」と「ビザ（査証）」は違うものだということは理解してもらえたでしょうか。
通常は別にそんなに区別しなくてもあまり問題はありませんが、実際の手続き上ではこれをしっかり区別して理解していないと、話が分からなくなってしまうことが多々あります。
正確には区別しなくても構いませんので、とりあえず「在留資格」と「ビザ（査証）」は別のものなのだということだけは、頭の片隅にでも入れておいてください。